原料药生产过程产生废水含有一定化学毒性和生物活性，特别是某些抗生素原料药生产废水，其所含抗生素(如青霉素、头孢菌素等)具有较强杀灭微生物作用，会使得生化处理所需厌氧和好氧微生物失效，达不到废水处理目的。常见的原料药废水处理这种有机废水的方法有:溶剂萃取法、吸附法、生物法、膜分离法、氧化法、焚烧法等等。
原料药废水处理难点：
1、 成分复杂。
2、 有机物含量高。
3、 毒性大，
4、 处理难度大。
原料药废水处理工艺流程：
原料料废水处理设计采用“SBR+接触氧化”二级好氧工艺。格栅去除废水中较大的杂质及悬浮物，然后进入调节池调节水质水量，再水解酸化对COD、BOD进行去除，提高废水的可生化性。在SBR反应池中进行微生物降解有机物及固液分离，然后进入接触氧化池中，与生物膜接触，生物膜与悬浮的活性污泥共同作用，达到净化废水的作用。
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